La pêche en eau profonde s'est développée en réaction à l'insuffisance des poissons de surface. Elle se pratique principalement à l'Ouest des îles Britanniques à des profondeurs allant de 600 à 1500 mètres. Les principales espèces exploitées sont l’hoplostète ou empereur, le grenadier de roche, le sabre noir, la lingue bleue, le flétan noir, le brosme, la lingue et les requins siki.Bien que récente, la pêche en eau profonde menace gravement les populations de certaines espèces de poissons. L'activité a un impact sur les écosystèmes dans lesquels elle se pratique du fait 1) que les espèces exploitées en eau profonde ne sont pas adaptées à un taux d’exploitation élevé et 2) que les chaluts de fond un préjudice à la biodiversité.
L'Union Européenne a adopté ce 1 novembre 2008 une proposition relative aux possibilités de pêche en eau profonde pour 2009 et 2010. Les propositions de la Commission sont fondées sur les avis formulés par le CIEM, lesquels sont soumis au comité scientifique, technique et économique de la pêche (CSTEP) de la Commission.
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L'objectif pris en 2006 par les États membres de réduire progressivement, sur quatre ans, les niveaux de capture de certains stocks jusqu’à zéro est en marche. Dans le cas des requins d'eaux profondes et des poissons montres (150 ans de durée de vie), cela signifie qu'il faudra totalement arrêter de les pêcher d'ici deux ans.
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